Pada umumnya, seseorang yang terinfeksi HIV baru merasakan gejalanya 1-3 minggu setelah terinfeksi. Gejala awal yang muncul menyerupai gejala flu biasa sehingga orang tidak akan menduga jika dia telah terinfeksi HIV. Gejala-gejala yang muncul biasanya berupa demam, sakit tenggorokan, sakit kepala, muncul bintik-bintik merah pada kulit, pembesaran kelenjar getah bening, dan timbul perasaan tidak nyaman. Gejala-gejala tersebut berlangsung selama 1-4 minggu. Setelah itu, sebagian besar gejala akan menghilang meskipun pembesaran atau peradangan kelenjar getah bening masih tetap berlangsung.
Pada fase yang disebutkan di atas, HIV memperbanyak diri dengan cara membelah. Pembelahan terjadi di dalam darah dan berlangsung dalam waktu yang sangat cepat. Karena terjadi di dalam darah, virus-virus hasil pembelahan ikut mengalir bersama aliran darah dan beredar ke seluruh tubuh. Virus-virus tersebut kemudian terakumulasi pada organ-organ tubuh, terutama organ-organ sistem peredaran getah bening.
Adanya virus di dalam tubuh akan mengaktifkan sistem pertahanan tubuh. Namun, dalam hal ini sistem pertahanan tubuh hanya dapat mengurangi jumlah virus saja dan tidak dapat menghilangkan virus secara menyeluruh. Orang yang telah terinfeksi HIV biasanya tidak akan menemukan gejala apa pun selama beberapa tahun pasca gejala awal muncul. Meski demikian, di dalam darah dan cairan tubuh penderita sebenarnya telah ditemukan HIV dalam jumlah besar sehingga pada keadaan ini penderita bisa berpotensi menularkan HIV kepada orang lain.
Biasanya, penderita akan merasakan gejala-gejala nyata serangan AIDS setelah beberapa tahun pasca infeksi HIV. Gejala-gejala yang umum ditemukan antara lain pembengkakan kelenjar getah bening, penurunan berat badan, demam dan diare terus-menerus, mudah lelah, anemia, serta munculnya infeksi jamur pada mulut. Berbeda gejala yang terjadi di awal infeksi, gejala pada fase ini biasanya lebih serius sehingga membutuhkan perawatan medis.
Ciri utama penyakit AIDS adalah terjadinya penurunan kekebalan tubuh sehingga penderita sangat mudah terserang penyakit yang pada keadaan normal jarang terjadi.
